La crisis iniciada en los primeros meses de 1942 culmina en el mes de enero de 1943 con la elección de Pedro Moya Cerezuela como Hermano Mayor de la corporación. El nuevo Hermano Mayor se hace cargo de la hermandad con el propósito de dotarla de una nueva idiosincrasia.
A nivel institucional y como preámbulo de los cambios que se estaban operando, la corporación modifica su título adoptando el de “REAL VENERABLE E ILUSTRE HERMANDAD DEL SANTÍSIMO CRISTO DE LA EXPIRACIÓN”, antecedente directo del título que ostenta hoy en día.
En el aspecto social la hermandad pasa a estar integrada básicamente por JÓVENES ESTUDIANTES, que ayudaran de forma extraordinaria a dinamizar la institución. Prueba de la importancia de este colectivo es que en la asamblea general del año 1945 se decidiera incorporar al título de la corporación el apelativo de “COFRADÍA DE ESTUDIANTES”.
Desde una perspectiva estrictamente cofrade, el propósito del nuevo Hermano Mayor es restaurar el espíritu de las antiguas cofradías penitenciales de Semana Santa, proyectando al exterior una imagen de AUSTERIDAD Y PENITENCIA.
La estación de penitencia se realizaría en absoluto silencio, manteniendo los componentes del cortejo, durante todo el acto, un orden y compostura ejemplarizantes.
Para llevarlo a cabo se adquieren insignias acordes con la nueva impronta de la cofradía y se adopta un nuevo hábito penitencial, compuesto de túnica negra de cola, cubrerrostro de color negro, cinturón de esparto y alpargata sin calcetín.
Sobre estas bases, la cofradía vuelve a realizar estación de penitencia el Viernes Santo de 1943, si bien ese año, debido a las inclemencias meteorológicas, no lograr salir de la Real Iglesia de San Pablo.
Durante los años 1944 a 1946, la corporación realiza estación de penitencia como tradicionalmente lo venía haciendo, es decir, formando parte de la procesión oficial del Santo Entierro.
En el año 1947, la hermandad alcanza un anhelo histórico, cual es realizar estación de penitencia de forma autónoma, desvinculándose de la procesión oficial del Santo Entierro, no obstante, para conseguir dicho logro, la cofradía tuvo que aceptar el Martes Santo como día fijado para su salida procesional, en detrimento del Viernes Santo, día en el que históricamente la corporación realizaba dicho acto.
Al abandonar la procesión oficial del Santo Entierro, la cofradía deja de realizar estación de penitencia a la Santa Iglesia Catedral, discurriendo el cortejo únicamente por el recorrido oficial, que solo incluye varias calles del centro comercial de la ciudad.
En el año 1956 la cofradía adopta un nuevo itinerario para su estación de penitencia, así, tras salir por primera vez a través de la puerta principal de la Real Iglesia de San Pablo y completar la carrera oficial, el cortejo se aleja de las calles del centro comercial, para discurrir por enclaves recoletos, como la plaza de San Miguel, la calle San Zoilo o la plaza de Capuchinos, junto a estos lugares que invitan a la oración, la cofradía transita por otros espacios que en contraste con los anteriores, no ayudan al recogimiento interior, sino que únicamente buscan contribuir a que la Semana Santa de Córdoba alcance un mayor esplendor, como por ejemplo, la escalonada cuesta del Bailío, que la cofradía desciende rodeada de un inmenso gentío. Siguiendo el modelo adoptado en 1956 la cofradía realiza estación de penitencia ininterrumpidamente hasta el año 1961.
En cuanto a los cultos internos, la corporación mantiene el quinario anual que en honor al Santísimo Cristo de la Expiración se celebra en tiempo de cuaresma, el cual se desarrolla en dos sesiones diarias, por la mañana Misa rezada y por la tarde, exposición del Santísimo, rosario, ejercicio del quinario y sermón.
Entre los años 1943 y 1956 la corporación vive una etapa floreciente, prueba de ello es el avance que la hermandad desarrolla a nivel patrimonial, así en el año 1943 se restaura la imagen del Santísimo Cristo de la Expiración, en 1945 Nuestros Sagrados Titulares son trasladados desde el altar donde se les rendía culto en la Real Iglesia de San Pablo a una capilla propia ubicada en la nave de la epístola del citado templo, en 1947 se ejecuta un nuevo paso procesional, realizado en estilo barroco por el artista de Ronda (Málaga), Julio Pajares Vilches -el cual es remodelado en el año 1956 por José Callejón-, y finalmente, en 1949 la comunidad claretiana cede a la corporación unas pequeñas dependencias dentro del convento, con destino a ubicar la secretaría de la hermandad y ser utilizadas asimismo como almacén para guardar enseres.
A partir de 1956 la actividad de la corporación comienza a decrecer, siendo éste un fenómeno que no solamente se observa en la hermandad de la Expiración, sino que a nivel general, va desapareciendo, paulatinamente, el entusiasmo que por las cofradías penitenciales existía en el periodo anterior.
Aunque la Junta de Gobierno se esfuerza en trasladar a los hermanos que es necesaria una intensa cooperación y que ser miembro de la hermandad no puede reducirse a pagar la cuota y vestir la túnica el Martes Santo, este esfuerzo no llega a fructificar, abriéndose un nuevo periodo de crisis que determina que en el año 1962 la cofradía no realice estación de penitencia.