El origen de la corporación se sitúa en el convento franciscano de San Pedro el Real -popularmente conocido con el nombre de San Francisco-, donde en el siglo XVII y bajo la advocación de San Diego y San Acacio, se funda una cofradía con el fin de rendir culto al Santísimo Cristo de la Expiración.
El Santísimo Cristo de la Expiración es una imagen de autor anónimo, de estética granadina, muy próxima a las obras de Pedro de Mena, ejecutada en los primeros años del siglo XVII, que representa el momento en el que Jesucristo, en la cruz, exhala su último aliento encomendando su Espíritu al Padre.
Entre los años 1605 y 1615 se erige en torno a dicho Crucificado la cofradía de San Diego y San Acacio, corporación abierta a todos los grupos sociales de la época e integrada tanto por hombres como por mujeres. La presencia de una cofradía de advocación no pasionista en la Semana Santa de Córdoba, no constituye una excepción, siendo coetáneos a su fecha fundacional otros casos, como el de la cofradía de Nuestra Señora del Rayo en la parroquia del Espíritu Santo o el de la cofradía de las Ánimas del Purgatorio y San Nicolás de Tolentino en el convento de San Agustín, no obstante, en las primeras décadas del siglo XVIII y debido al intenso fervor que en el pueblo de Córdoba despertó la imagen del Santísimo Cristo de la Expiración, la cofradía pasó a conocerse con el nombre de la advocación de la imagen titular, es decir, COFRADÍA DEL SANTÍSIMO CRISTO DE LA EXPIRACIÓN.
Desde su fundación y hasta el año 1657 la cofradía realiza estación de penitencia a la Santa Iglesia Catedral el Jueves Santo. A partir de 1658 la estación de penitencia se desarrolla el Viernes Santo, si bien, fue necesario suscribir con fecha 20 de marzo de 1660 una concordia con las cofradías del Santo Sepulcro, de Nuestra Señora de las Angustias y de Nuestra Señora de la Soledad, para que se reconociera el derecho de la cofradía de San Diego y San Acacio a realizar, estación de penitencia el citado día.
El cortejo estaba formado por cinco pasos, que eran, el Santísimo Cristo de la Expiración -titular de la hermandad-, Dolorosa bajo la advocación de Nuestra Señora de la Estrella, San Diego de Alcalá con la cruz, San Juan y la Magdalena, las imágenes iban acompañadas por penitentes de luz y sangre, que vestían túnica y cubrerrosto.
Hasta el año 1740 la corporación goza de un dinamismo y pujanza indudables, acometiéndose en dicho período proyectos de gran envergadura, como el dorado del retablo en el cual se rendía culto al titular, encargo que se realiza en 1708 al artista Pedro de Cobaleda, sin embargo, la política de signo ilustrado llevada a cabo por los sucesivos Prelados de la Diócesis de Córdoba y las medidas adoptadas por la Corona, que pretenden suprimir ciertas manifestaciones de religiosidad popular de corte barroco, consideradas irreverentes y faltas de autenticidad, truncan el periodo de bonanza y hacen que la hermandad de la Expiración a partir de los años cuarenta del siglo XVIII, se vea inmersa en una fase de decadencia, que se agudiza con el transcurso del tiempo, y que tiene como primera consecuencia que en torno al año 1780 la cofradía deje de realizar estación de penitencia.
La invasión de las tropas francesas, que obligó a la comunidad franciscana a abandonar el convento de San Pedro el Real, y posteriormente, el reglamento sobre procesiones de Semana Santa publicado en 1820 por el Obispo Pedro Antonio de Trevilla, fueron determinantes y causa última de la inactividad en la que se vio inmersa la hermandad.
Hay que señalar que esta inactividad únicamente afectó a la cofradía en su aspecto institucional, ya que a su titular, el Santísimo Cristo de la Expiración, el pueblo de Córdoba, nunca dejó de rendirle culto, sin decrecer en ningún momento la fuerte devoción que le profesaba, sustentada, en gran medida, en los milagros y prodigios que en épocas anteriores le fueron atribuidos.